Die der Dongsan-Kultur (500 v. Chr. bis 100 v. Chr.) entstammende Bronze-Trommel, die 1977 in Koh Samui gefunden wurde, gibt Zeugnis von einer frühen Besiedlung der Insel durch von der malayischen Halbinsel stammende muslimische Seezigeuner vor mehr als 2000 Jahren. Es ist sehr wahrscheinlich, dass diese Siedler auch das nahegelegene Koh Phangan besuchten. Die modernere Geschichte Koh Phangans beginnt allerdings erst vor etwas mehr als 600 Jahren. Vorbeiziehende Mönche nahmen Notiz von der stillen Abgeschiedenheit, natürlichen Schönheit und spirituellen Potenz Koh Phangans und etablierten ein buddhistisches Meditationszentrum unweit vom heutigen Thong Sala, dort wo jetzt der Wat Phu Kao Tempel zu finden ist.

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Historiker und Archäologen stimmen überein, dass die ersten richtigen Siedlungen auf Koh Phangan vor ungefähr 200 Jahren von chinesischen Einwanderern aus Hainan gegründet wurden. Diese bestritten ihren Lebensunterhalt zunächst durch Fischerei, aber begannen bald darauf mit der Ausbeutung der Eisenvorkommen der Insel sowie mit der Produktion von Kokosnussöl. Ein bis heute sichtbares Überbleibsel dieser Eisenmienen ist Koh Phangans einziger Süßwassersee auf dem Kap nördlich von Sri Thanu. Dieser Zeit verdankt die Insel auch ihren Namen, der soviel bedeutet wie "Weisser Sandstreifen-Insel".

Koh Phangan erfreute sich während der letzten 140 Jahre regelmässiger Besuche durch das thailändische Königshaus: Thailands populärste Könige, einschliesslich des derzeitigen Regenten, haben die Insel besucht. König Rama V. Chulalongkorn stattete Koh Phangan während seiner Amtszeit von 1869 bis 1910 insgesamt 14 Besuche ab. Sein Schiff pflegte vor Than Sadet zu ankern. Der von da ab "Königlicher Fluss" genannte Strom, dessen klare Wasser majestätisch von den Bergen herabfliessen und seine nahe der Küste gelegenen Wasserfälle faszinierten den thailändischen Regenten und veranlassten ihn zu zahlreichen den Strom entlang führenden Treks und Unternehmungen. Ein Offizier der den König begleitenden Entourage dokumentierte, dass in dieser Zeit etwa 300 Familien auf Koh Phangan lebten, die meisten davon Thais oder Chinesen.

Drei seiner Nachfolger, König Rama VI Vajiravudh (1910 - 1925), König Rama VII Prajadibok (1925 -1935) sowie der von seinen Untertanen in höchstem Masse verehrte derzeitige König von Thailand, Rama IX Bhumupol Aduljadej, fühlten sich ebenfalls von Koh Phangans Schönheit angezogen und statteten der Insel während ihrer Regentschaften regelmässigen Besuche ab.

Moderne Transportmittel, die das Reisen in zuvor weit entfernte Länder zunehmend vereinfachten, führten ab Mitte der 80er Jahre mit der Ankunft der ersten Touristen zu einer grundlegenden Veränderung in der Entwicklung der Insel. Dies waren zunächst Asien bereisende Hippies, für welche die Inselbewohner sehr bald einfache Unterkünfte in Bambushütten anzubieten begannen. Wohlgemerkt, es gab auf Koh Phangan damals noch keinen elektrischen Strom und auch sonst keine der heute dort selbstverständlichen Segnungen der Neuzeit. Bald wurde der Ausbau der Infrastruktur der Insel in Angriff genommen und als Ergebnis dieser Modernisierung sind nebst elektrischem Strom dort heute auch Unterkünfte, Essen und Unterhaltung auf allen Preis- und Stilniveaus zu einer Selbstverständlichkeit geworden.

Die Einführung regelmässiger Partygrossveranstaltungen zu jeder Vollmondnacht (und mittlerweile auch zu jeder Halbmond-, Neumond- und sonstigen Mondnächten) am Hat Rin-Strand seit Ende der 80er Jahre haben Koh Phangan zu einer zwar zweifelhaften, aber internationalen Bekanntheit und Reputation verholfen. Dass Koh Phangan einen der Haupt-Schauplätze des Hollywood-Films "The Beach" stellen durfte, trug seitdem noch weiter zu dieser Reputation und dem internationalen Bekanntheitsgrad der Insel bei.